Existe uma hipoteca onerando 03 (três) imóveis. Se for cancelado o registro de um dos imóveis, ficam canceladas as hipotecas dos demais imóveis vinculados ao contrato?

Certamente que não, pois dependem de autorizações específicas. Tanto podem vir de forma individual, como podem vir em um ofício único, desde que ambas autorizadas pelo Credor.